Havens historie begyndte i 1606, hvor den haveinteresserede Christian IV opkøbte et stykke jord uden for Københavns nordøstlige voldanlæg og begyndte anlæggelsen af Kongens Have samtidig med opførelsen af Rosenborg Slot. Haven er landets ældste kongelige haver og blev anlagt i renæssancestil af Christian IV i begyndelsen af 1600-tallet. Haven skulle forsyne hofhusholdningen på Københavns Slot med frugt og grønt og fungere som lysthave for kongen. Haven dannede fx ramme om ringridning og andre aktiviteter, som skulle underholde kongen og hans gæster. Havemoden skiftede i 1600- , 1700- og 1800-tallet fra renæssance- over barokhave til romantiske anlæg. I barokken blev det moderne at plante lindealléer, som kunne holdes i klippede former. I Kongens Have plantede man disse alléer langs allerede eksisterende stier. I 1700-tallet blev haven udstyret med fint anlagte parterrebede, bosqueter og alléer helt efter barokkens idealer. Det store areal foran slottet, som i dag er eksercerplads for Den Kongelige Livgarde, var anlagt som parterrehave tegnet af Frederik IV´s havekunstner Johan Cornelius Krieger omkring 1730.