Den kulturhistoriske værdi ved Stouby Mølle fra 1750 knytter sig til dens beliggenhed i det åbne land ved Væggerløse, hvor den er genopført 1790 efter at være flyttet fra volden i Nykøbing Falster. Møllens nære tilknytning til landsbyen på kanten af det åbne land, viser dens vigtige funktion i det førindustrielle landbrug, der var lokalt orienteret og stærkt afhængig af vejret. Der knytter sig ligeledes kulturhistorisk værdi til møllens typologi. Den er opført som stubmølle, som der kun findes få af og heraf kan Stouby Mølle betragtes som en meget velbevaret repræsentant. Der knytter sig desuden kulturhistorisk værdi til møllens funktionsdygtighed og intakthed, både i det ydre og det indre. Møllehuset hviler på en kraftig stub på et bundkryds med skråstivere, dertil kommer krøjesvans og vinger til sejlføring. Adskillige dele er blevet udskiftet i årenes løb, udført i oprindeligt udtryk og i traditionelle materialer. Senest er stubben blevet skiftet ud.
I det indre knytter den kulturhistoriske værdi sig til det bevarede mølleinventar med samtlige detaljer. Opretholdelsen af møllevingerne og de funktionsmæssige udvendige og indvendige dele af mølleriet rummer stor kulturhistorisk autenticitet. I det indre står møllehuset velbevaret med hathjul, krondrev, aksler, spilstokke, to kværne og en grubbekværn.
Lokalt har Stouby Mølle før i tiden haft stor betydning, da den som funktionsdygtig kornmølle blev et uformelt samlingssted, når bønderne kørte til mølle. Idet den var et markant pejlemærke i landskabet har man også brugt vingerne til at signalere vigtige begivenheder.