Bymøllens Møllegård ligger i den sydlige udkant af Rudkøbings gamle bykerne og består af et stuehus og et vognhus.
Stuehuset er et længehus opført af sort, opstreget bindingsværk over en sortmalet sokkel. Tavlene er pudsede og hvidkalkede. Den sydlige gavl er omsat i grundmur. Taget er et mansardtag belagt med røde vingetegl. I rygningen findes to hvide skorstenspiber. I tagfladen på begge sider findes to mansardkviste og mod haven endvidere et mindre tagvindue. Indgangspartiet er en tofløjet fyldingsdør med overvindue, der nås via to granittrin. I husets nordlige ende findes endvidere en beklædt stalddør. På havesiden findes en nyere dør med opsprossede termoglasfelter. På den nordlige gavl findes yderligere en dør med et stort termoglasfelt.
I det indre er huset præget af en ældre planløsning med en nyere indretning på førstesalen. Trappen til førstesalen er af nyere dato. Der findes ældre fyldingsdøre med beslåning og gerichter, synlige loftsbjælker samt et rum med marmorererede vægfelter og ådringer på dørene. Spidsloftet er uudnyttet.
Vognhuset er et længehus opført af sort, opstreget bindingsværk med hvidkalkede tavl og tag med halvvalm belagt med røde vingetegl. Tagfladen er delt med en lille forskydning cirka midtvejs, I den nordlige ende af tagfladen mod gården findes en tofags hejskvist i bindingsværk med muret nordlig flunke. Den sydlige flunke er bræddebeklædt. Langs gården findes seks tofløjede revleporte, en revledør samt to trævinduer og et jernvindue med forskellige rudeformater. På bagsiden findes et enkelt jernvindue.
I det indre er vognhuset indrettet med garager, adskilt af bræddevægge, mod nord og opbevaringsrum i den sydlige ende, heriblandt et enkelt isoleret rum med trægulve og beklædte vægge i det sydøstlige hjørne.