Den kulturhistoriske værdi ved Elstrup Mølle knytter sig i det ydre til møllen som et vidnesbyrd om et af de tidlige stadier i vindteknologiens historie. Yderligere er Elstrup Mølle en landbrugshistorisk funktionsbygning, der gennem sin arkitektur og sit interiør, fortæller historien om det lokalt orienterede, og af vejret afhængige, førindustrielle danske landbrug.
Vindmøllens sammenbygning med motorhuset og magasinbygningen er ligeledes en væsentlig del af den kulturhistoriske værdi.
Yderligere knytter der sig kulturhistorisk værdi til den aflæselige udvikling gennem tiden, senest med sammenbygning mellem magasinbygningen fra 1890 og staldlængen fra 1948.
I det indre knytter den kulturhistoriske værdi ved Elstrup Mølle sig til den bevarede etageinddeling samt til den ligeledes bevarede elmotor, gangværket, kværnene, samt til det øvrige mølleinventar.