Store Heddinge Præstegård ligger i købstaden Store Heddinge umiddelbart nordvest for byens middelalderkirke. Præstegården ligger lidt tilbagetrukket fra Kirketorvet, omgivet af en stor have, og udgøres af en hovedlænge og en udhuslænge i vinkelformation. Begge bygninger er sammenbygget med kirkegårdsmuren. Kun hoved-længen er omfattet af fredningen.
Hovedlængen er en énetages bygning på 16 fag med helvalmet, rødt tegltag med en fem fag bred frontkvist med helvalm, både mod gård- og haveside. I rygningen ses en nyere, skuret skorstenspibe. Bygningen står på en sortmalet sokkel og er opført i ubehandlede kridtsten ligesom hovedgesimsen, mens der over vinduerne er et omløbende bånd i gule teglsten. Frontkvistenes øverste del er opmuret af smalle teglsten og fremtræder vandskurede. Centreret under gårdsidens frontkvist er en indrammet traditionel, tofløjet fyldingsdør med overvindue, og herover ses en sandstenstavle med initialer, årstal og inskription. Bygningens tre øvrige døre er traditionelle, tofløjede fyldingsdøre med glasfyldinger øverst. Alle døre fremtræder hvide med grønne detaljer. Vinduerne er ældre torammede og opsprossede vinduer med grønmalede karme og hvidmalede rammer, samt sålbænke af kobber. Samtlige vinduer er forsynet med forsatsrammer.
Indvendigt er bygningen opdelt med de offentlige funktioner, herunder konfirmandstue og kontorer, i den østlige ende, mens den private del, præsteboligen, er placeret i bygningens vestlige ende. Herfra fører en gammel kældertrappe ned i kælderen, som er under bygningens vestlige del. I frontgavlene er der indrettet værelser og badeværelse, mens der på hver side af frontgavlene er et tagrum, som står uisoleret med synlige tagkonstruktioner og understrøgne tagsten. Bygningen fremtræder med en overvejende traditionel materialeholdning, herunder brædde- og parketgulve samt pudsede vægge og lofter. Dog har enkelte rum nyere klinkegulve og linoleumsgulve, ligesom der i hall´en er en nyere kvartsvingstrappe til første sal. Der er bevaret enkelte ældre bygningsdetaljer, herunder en- og tofløjede fyldingsdøre, to indmurede trætavler med inskriptioner i kontoret samt helpaneler i kvistværelserne.