Den arkitektoniske værdi ved Skagen Rådhus knytter sig til bygningens beliggenhed i Skagen og udformning i fire fløje med en asymmetrisk profil, hvilket bevirker, at anlægget tilpasser sig omgivelserne. I forhold til bybilledet underordner rådhuset sig således byhusenes mindre størrelsesforhold, medens det til havnesiden fremtræder ligeværdigt med havnens store bygningsanlæg. Det er ligeledes værd at fremhæve de fire bygningers indbyrdes placering med åbning mod bysiden, som leder den besøgende ind i gården og med ly for vinden. I gården bliver den besøgende igen automatisk ledt hen mod hovedindgangen, som arkitektonisk er markeret med en rampe, der er overdækket af et skråtstillet halvtag med både funktionel og skulpturel virkning.
Den arkitektoniske værdi er ligeledes knyttet til anlæggets fremtræden som en helhed og på trods af de enkelte bygningers forskellige profil og detaljering, bliver de holdt sammen af anvendelsen af den gule mursten og den røde tagsten samt betonen. De forskellige udformninger af bygningerne afspejler desuden, at de har forskellig funktion. Desuden har den asymmetriske og uregelmæssige udformning af bygningerne stor arkitektonisk værdi, da de giver anlægget dynamik og særpræg.
Der er endvidere arkitektonisk værdi relateret til facadekomposition, som er karakteriseret ved en subtil blanding af vertikale og horisontale elementer, der på samme tid skaber et dynamisk og harmonisk udtryk. Dette kan for eksempel ses på den søndre bygning mod havnen, hvor den tydelige opdeling i fag skaber en udpræget vertikal betoning, mens etageadskillelsen i beton giver en horisontal betoning. Vinduerne, der er trukket tilbage, giver dybde og en lys-skyggevirkning, som ændrer sig efter solens placering på himlen.
Desuden er der arkitektonisk værdi knyttet til de nære omgivelser, der understøtter det synsmæssige indtryk af rådhuset, samtidig med, at de repræsenterer selvstændige arkitektoniske kvaliteter.
I det indre knytter den arkitektoniske værdi sig til området ved hovedindgangen, hvor sammenstillingen af det skrå halvtag, den synlige konstruktion og vinduesbåndet mod gården skaber et lyst, venligt og indbydende rum. Derudover bevirker trapperne i hver ende og farvesætningen, at det får et helt specielt særpræg og udtryk, der ikke ses i mange andre offentlige bygningsværker fra samme periode. Derudover er der arkitektonisk værdi knyttet til byrådssalen placeret i et højt rum med et galleri med tilhørspladser, hvorfra man kan kigge ned over de folkevalgte politikere. Det umiddelbart enkle rum er gjort særligt med en masse detaljer, herunder lysafskærmning, farvede glas, bred dør, farvesætning, materialevalg, en smal altangang og udformningen af siddepladserne på tilhørspladserne. Tilsammen skaber alle disse elementer et enestående og betydningsfuldt rum.
Endvidere er der arkitektonisk værdi knyttet til de enkelte bygningselementers selvstændighed, der er understreget ved deres form og farve, og i det hele taget til farvesætningen af hele rådhuset, der giver et festligt og charmerende indtryk af bygningen uanset, hvor man befinder sig. Rådhuset fremstår i det hele taget uformelt og indbydende uden det bliver useriøst.