Egeby Stubmølle blev opført i 1787 og blev allerede gjort 30 cm bredere i 1794. Til møllen hørte tidligere et møllerhus i bindingsværk, som siden er ombygget og udskilt fra møllen. Møllen var i drift indtil sidste halvdel af 1920erne. Foreningen Bornholm købte møllen i 1934 og har siden restaureret og vedligeholdt møllen. De gamle kværnsten og dele af tilbehøret til disse var bevaret i møllen.
Der blev i 1950erne- og 60erne sat ny krydsfod og nye vinger på møllen. Vingerne måtte dog nedtages i 1987 efter en stormskade.
Efter en nøjere opmåling og undersøgelse af møllen startede i 1996 en større, gennemgribende restaurering, som blev afsluttet i 1999. Herefter fungerede møllen med den traditionelle vingetype med split, og møllens maskineri er rekonstrueret og funktionsdygtigt.
Så meget som muligt blev bevaret ved restaureringen; således næsten alt tømmer i det gamle skrog, mens krydsfod, beklædning og tag samt ås og vinger blev fornyet.
I møllen er bevaret dele af en gammel stenbjælke under kværnen, som angiveligt må være den oprindelige stenbjælke fra 1787. De viste, at møllen fra starten har været smallere, hvilket stemmer overens med, at tømmeret i vind- og læside er genbrugstømmer og uden tvivl indsat i 1794.
Landskabet omkring møllen har tidligere været stort set uden træbevoksning, hvilket gav en jævn vindtilførsel til møllen.