Tidligere fandtes der mange stubmøller af denne type på Bornholm. Mange af disse fungerede som møller under enkelte gårde, men da mølleprivilegiet ikke fandtes på Bornholm kunne enhver opføre en mølle og drive forretning. Herved kom møllerne til at ligge med kort afstand. Det store antal møller gjorde, at de fleste møllere havde en supplerende indtægt fra et andet erhverv. De små vand- og stubmøller blev i løbet af 1800-tallet udkonkurreret af de hollandske møller, der var langt mere driftssikre og havde en større kapacitet.
Den kulturhistoriske værdi ved Svaneke Stubmølle knytter sig til møllen som en landbrugshistorisk funktionsbygning, idet den gennem sin arkitektur, vinger og stjert fortæller historien om det lokalt orienterede og af vejret afhængige, før-industrielle danske landbrug. Dertil kommer, at møllen som maskine, vidner om et af de tidlige stadier i vindteknologiens historie. Der knytter sig også kulturhistorisk værdi til møllens karakteristiske udformning med en firdelt møllefod, møllekrop, tag, vinger til splitsejl, stjert og hejseværk udført i træ.
I det indre knytter den kulturhistoriske værdi sig til det bevarede mølleinventar med samtlige detaljer. Opretholdelsen af møllevingerne og de funktionsmæssige udvendige og indvendige dele af mølleriet rummer stor kulturhistorisk autenticitet.
Et særegent træk ved Svaneke Stubmølle er de tre bevarede kværne på kværnloftet, hvor de fleste større stubmøller rummer to kværne, en på hvert loft. I Svaneke Stubmølle er på kværnloftet tilføjet der to mindre kværne bag den oprindelige kværn. Tilføjelsen af disse kværne samt sigte og skallekværn omkring 1866 skyldes sandsynligvis, at mølleren, Peder Hansen Bech tog konkurrencen op mod den nærliggende hollandske mølle, Svanemøllen, der var blevet opført nogle år forinden. På møllens stenbjælke ses endvidere flere indridsede initialer og årstal, herunder årstallet 1634, der er det ældste indskårne årstal i møllen. Mange af initialerne stammer fra møllens talrige ejere gennem tiden.