Systemet bag Fund og Fortidsminder 2009 er baseret på en række databaser over kulturhistoriske fund på land og havbund indenfor det nuværende Danmark. Ved etableringen på web 2009 indeholder systemet oplysninger om 170.000 fundlokaliteter på land og 17.000 på havbunden.

Databaserne blev grundlagt i begyndelsen af 1980'erne på henholdsvis Nationalmuseet , Fredningsstyrelsen og Farvandsvæsenet.

Nationalmuseets database "Det kulturhistoriske Centralregister" (DKC) var en registrering af alle landets fortidsminder overvejende fra oldtiden, således som de var beskrevet i museets "sognebeskrivelse" med tilhørende afsætning på landkort. Denne sogneskrivelse er suppleret med oplysninger om senere fund fra landets museer. Det hele blev ved registreringen 1982-2002 suppleret med oplysninger fra andre museale arkiver, f.eks. om udgravninger og fund af genstande. Efter museumsloven 1984 skulle alle landets museer indberette arkæologiske aktiviteter til DKC-basen, først via indsendte dokumenter og senere elektronisk.

De andre store databaser bestod af "Fredede Fortidsminder" (FFM), en database over fredede monumenter på land fra oldtid til nutid, registreret i Fredningsstyrelsen, den senere Skov- og Naturstyrelse. Dertil kommer registrerede oplysninger om fund på havbunden, dels indsamlet fra fiskere via søkort, og dels fra Farvandsvæsenets arkiver, suppleret med andre arkiver om skibsforlis. Sidstnævnte registrering af fund på søterritoriet blev bearbejdet på Slots- og Kulturstyrelsen og suppleret med Farvandsvæsenets database over vrag.